کیست تجمعی از مایع در داخل تخمدان است که توسط جدار نازک احاطه شده است. در حین تخمک گذاری، یک تخمک رشد نموده ولی نمی‌تواند پاره شود و تخمک را آزاد نماید. مایع فولیکول بجای اینکه جذب شود، در داخل فولیکول باقی مانده و تشکیل یک کیست فولیکولار را می‌دهد.
نوع دیگر کیست فونکسیونل تخمدان کورپوس لوتئوم است و زمانی تشکیل می‌شود که فولیکول از خون پُر می‌شود.

کیست‌های ساده، دیواره‌ی نازک دارند و بصورت یک حباب سیاه بزرگ دیده می‌شوند. کیست‌های حاوی خون (به‌عنوان مثال کیست شکلاتی در بیماران دچار اندومتریوز) در داخل خود یک سایهای دارد که بصورت سفید دیده می‌شود، و در واقع بصورت یک توده‌ی پیچیده به نظر می‌رسند.

شیوع کیست‌های فولیکولار در خانم‌های نابارور به‌علت مصرف داروهایی مثل کلومیفن و آمپول HMG برای تحریک تخمک گذاری افزایش می‌یابد.
کیست‌های فونکسیونل تخمدان معمولاً در عرض ۶۰ روز بدون درمان برطرف می‌شوند.
بهرحال، اگر کیست بزرگتر از ۶ سانتیمتر باشد یا بیش از ۶ هفته باقی بماند، نیاز به انجام آزمایشات تکمیلی خواهد بود.